지자체마다 달랐던 취득세 산정
정부, 바로잡아 5년간 소급적용
서울·경기 등 일부 추징작업 착수
최소 수만명 세금 추가로 납부할듯

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정부가 그동안 지자체들이 재개발 입주권을 승계한 조합원에 부과해온 취득세 산정방식을 바로 잡아 최근 5년간 소급적용하는 초유의 사태가 벌어지고 있다. 행정안전부의 지침에 따라 입주권 매수자가 기존 조합원에 지급한 웃돈(프리미엄)과 시공사에 낸 분담금을 집값을 일부로 보고 취득세를 재산정해야해서다. 그동안 지자체들은 프리미엄과 분담금을 아예 반영하지 않거나 일부 반영하는 등 제각각이었다. 업계에서는 소급적용 대상이 되는 승계조합원이 최소 수만명이 될 것으로 보고 있다. 이들 대다수가 추가로 취득세를 더 납부해야 할 것으로 보인다.

15일 업계에 따르면 서울시·경기도 등 일선 지자체들이 승계조합원에 잘못 부과된 세금 추징작업에 착수했다. 최근 행안부가 입주권 승계조합원의 입주시 취득세는 프리미엄과 분담금을 포함한 총 취득가액을 기준으로 해야 한다고 유권해석을 내렸기 때문이다.

현행법상 재개발사업에서 관리처분계획인가 후 조합원 입주권을 매수할 경우 지위 승계 시점과 입주 시 등 두 차례 취득세를 내야 한다. 입주권 가격은 토지가격과 프리미엄(웃돈)을 더해 결정된다. 지위 승계시점에는 매매가격의 4%의 취득세율이 적용된다.

입주시에는 새 아파트를 새롭게 취득하는 것으로 간주해 원시취득시 적용되는 2.8% 세율이 적용된다. 입주시에는 신축 아파트 분양가가 종전 입주권 매입 가격보다 높을 경우에 한해 그 부분만큼 취득세가 부과된다.

문제가 되는 부분은 적지 않은 지자체들이 입주시 부과되는 취득세를 잘못 산정해 왔다는 점이다. 행안부는 지난 2015년에 유권해석을 통해 승계조합원의 경우 입주시 취득세를 산정할 때 '조합원 분양가(옵션포함)'뿐 아니라 프리미엄과 분담금을 포함한 '총 취득가액(조합원 분양가+프리미엄+옵션+분담금 등)' 기준으로 해야 한다고 지침을 내렸다.

그동안 적지 않은 지자체들은 프리임엄과 분담금을 빼고 취득세 과표를 산출해왔다. 일부 지자체는 담당자별로 다른 기준을 적용하기도 했다.

서울 동작구의 경우 흑석 3구역 승계조합원에게 입주시 취득세 계산 때 프리미엄을 포함한 총 취득가액을 기준으로 과표를 산정했다. 다른 단지에 대해서는 프리미엄을 뺀 조합원 분양가를 기준으로 했다. 이 뿐만이 아니다. 수원 팔달구에서도 비슷한 상황이 나오는 등 전국 지자체에서 제각각의 납세기준을 적용해 왔다.

행안부 관계자는 "혼선이 빚어지면서 최근 지자체에 지침을 다시 내려 프리미엄을 포함한 총 취득가액을 기준으로 해야 한다고 명확히 했다"며 "과거 잘못된 기준으로 부과된 취득세는 소급적용해 다시 과세토록 했다"고 말했다.

서울시 관계자는 "행안부 최근 지침에 따라 지방세 부과제척기간(5년)에 맞춰 일선 구에서 2018년 이후 과세자료를 전부 검토하고 있다"며 "세금을 더 내더라도 가산세는 제외할 계획이다"라고 말했다. 다른 지자체 역시 예전 과세자료 검토를 진행하고 있다.

소급적용 대상자는 자료 검토가 끝나야 윤곽이 나올 것으로 보이지만 업계에서는 최소 수만명이 대상이 될 것으로 보고 있다. 또 총 취득가액을 기준으로 할 경우 추가로 취득세를 더 내야할 것으로 보인다. 올해 입주한 동작구 흑석 3구역의 경우 총 취득가액을 기준으로 하면 조합원 분양가를 적용한 것보다 1000만원가량 더 납부해야 하는 것으로 알려졌다.

업계 한 관계자는 "현장의 혼선이 컸는데 이번 행안부 지침으로 명확해진 것은 의미가 있다"며 "하지만 취득세 혼란에 따른 피해는 결국 납세자들이 지게 됐다"고 비판했다.