서울 서초구 양재동 가정·행정법원 전경 (서울가정법원 제공)

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(서울=뉴스1) 노선웅 기자 = 병영경영지원회사(MSO)가 의사 대신 환자에게 의료비를 받고 세금계산서를 발행한 회계처리는 위법이라는 법원 판단이 나왔다.

28일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정 8부(부장판사 이정희)는 지난 8월 서울 강남구에서 의원을 운영하는 의사 A 씨가 강남세무서장을 상대로 "종합소득세 등 부과 처분을 취소해달라"고 제기한 소송에서 원고의 청구를 기각, 패소로 판결했다.

A 씨는 MSO인 B·C 사와 병원관리 및 결제 대행에 대한 용역 계약을 체결했다. B, C 사는 계약을 바탕으로 A 씨 대신 환자들로부터 직접 의료비를 받은 뒤 세금계산서 또는 현금영수증을 발행했다.

B·C 사는 직접 받은 의료비 중 자신들이 수행한 병원관리 및 결제 대행 업무에 대한 수수료를 공제한 나머지를 A 씨에게 지급했고, A 씨는 받은 금액을 기준으로 매출 세금계산서를 발행했다.

하지만 2019년 A 씨에 대한 세무조사를 한 세무 당국은 B·C 사는 A 씨의 신용카드 위장가맹점에 해당한다고 판단했다. 이를 바탕으로 A 씨에게 누락된 부가가치세 및 종합소득세 총 7억2000만원가량을 고지했다.

불복한 A 씨는 이의신청을 거쳐 2020년 10월 조세심판원에 심판을 청구했다. 조세심판원은 B·C 사가 A 씨와 별개의 사업자로 병원경영지원 용역을 제공했고, 환자들에게 직접 의료용역을 제공한 건 A 씨로 봐야 한다며 이 같은 판단에 따른 세무 당국의 재조사를 결정했다.

재조사를 한 세무 당국은 B·C 사가 환자들로부터 직접 의료비를 받은 부분의 매출은 A 씨의 매출로 봐야 한다고 판단했다.

또 B·C 사가 환자에게 세금계산서와 현금영수증을 발행한 행위와 A 씨가 B·C 사에 매출 세금계산서를 발행한 행위가 잘못됐다고 판단, A 씨가 발행한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 봤다.

이 같은 판단을 종합한 결과 A 씨의 부가가치세 및 종합소득세는 오히려 5억원가량으로 감액됐지만, A 씨는 이 결정에도 불복해 법원에 행정소송을 제기했다.

A 씨는 재판에서 2006년 기획재정부의 MSO 제도 도입 권고로 MSO와 병원 관리용역 및 결제 대행에 관한 계약을 체결했고, 그에 부합하는 세무 및 회계처리를 했으므로 문제가 없다고 주장했다.

하지만 재판부는 "이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 원고가 선택한 법률관계라는 사정만으로 정당화될 수 없다"며 세무 당국의 손을 들어줬다.

재판부는 "B·C 사가 환자들로부터 지급받은 의료용역 대금은 A 씨가 환자들에게 제공한 의료용역에 대한 대가이고, 의료법에서는 의료인(의료기관)이 아닌 자의 의료행위를 엄격하게 금지하고 있다"고 밝혔다.

이어 "B·C 사는 환자에게 직접적인 의료행위를 할 수 있는 의료기관이 아니며 의료행위와 직접적인 관련이 없는 병원경영에 필요한 서비스를 제공하였을 뿐"이라며 "체결한 계약에 의하더라도 B·C사는 병원관리 및 결제 대행 용역을 제공하고 그에 대한 수수료를 지급받는 것으로 규정돼 있다"고 설명했다.

그러면서 "A 씨는 환자들로부터 의료용역 대금을 직접 지급받고 환자들에게 이에 대한 세금계산서를 발행한 뒤 이를 자신의 매출로 처리해야 한다"며 "B·C 사는 A 씨로부터 병원관리 및 결제 대행 용역 대금을 지급받은 후 이에 대한 세금계산서를 발행했어야 한다"고 판시했다.

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