[이한영 기자] 예상보다 복잡하고 해석이 분분했던 '수정수입세금계산서' 발급 기준이 대폭 손질된다.

관세청은 5일, 그동안 법령만으로는 구체적 판단이 어려웠던 미발급 사유를 세밀하게 정리한 '수정수입세금계산서 발급 지침'을 마련하고 이날부터 3주간 외부 의견 수렴에 들어갔다고 밝혔다. 기업들이 신고 과정에서 가장 혼란을 겪던 부분을 표준화해, 납세 환경의 투명성을 높이겠다는 의도다.

이번 지침은 세관별로 조금씩 달랐던 발급 판단 기준을 하나의 체계로 묶어 전국적으로 동일하게 적용하도록 하는 데 초점이 맞춰져 있다. 특히 모호한 '중대한 잘못'의 범위, 반복 오류가 무엇을 의미하는지, 보정통지 후 미수정의 판단 기준, 가격신고자료의 하자가 어느 수준부터 문제가 되는지 등을 명확히 규정했다. 그동안 해석 논란이 잦았던 부분을 정리해 납세자가 사전에 위험을 예측할 수 있도록 한 것이다.

수입자는 통관 과정에서 납부한 부가가치세를 수입세금계산서를 통해 매입세액으로 공제받을 수 있다. 하지만 과세표준이나 세액이 바뀌면 매입세액도 달라지기 때문에 수정수입세금계산서가 필요하다. 문제는 부가가치세법에 따라 특정 위반 행위가 있는 경우 이 계산서가 발급되지 않아 매입세액 공제가 막힌다는 점이었다. 이번 지침은 이 '미발급 대상'의 판단 기준을 구체화해 납세 위험을 조기에 파악할 수 있도록 한 첫 실무 지침이다.

주요 보완 내용은 △특수관계 거래 미제출 자료 △반복 오류 조항 △보정통지 미수정 조항 △가격신고자료의 중대한 하자 등 지침은 의견 수렴을 거쳐 오는 2026년 1월 1일부터 전국 세관에 적용된다.

이명구 관세청장은 "이번 지침은 납세자에게 불필요한 혼란을 줄이고, 세관의 판단 기준도 통일하는 작업"이라며 "예측 가능한 납세 구조를 만드는 데 의미가 크다. 접수되는 의견을 면밀히 검토해 최종안에 반영하겠다"고 말했다.

이번 지침 마련은 기업 입장에서 가장 불편했던 '발급 여부 불확실성'을 해소하려는 조치로, 향후 성실 신고 환경 조성과 법 적용의 안정성 제고에 적잖은 변화를 가져올 것으로 보인다. /대전=이한영기자

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