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10년 이상 장기 임대한 민간주택을 처분할 때 적용되는 장기보유특별공제는 취득일이 아닌 임대기간 중 발생한 소득에 한정해 세금 혜택이 적용된다.

재정경제부는 25일 이 같은 내용의 ‘2025년 세제개편 후속시행령 개정안 일부 수정안’이 국무회의를 통과했다고 밝혔다. 이번 수정안은 지난달 16일 발표한 세법 개정안 시행령 가운데 입법예고와 부처협의 등을 거쳐 보완된 내용을 담았다.

우선 장기일반민간임대주택의 장기보유특별공제 산정 방식을 명확히 했다. 현행 조세특례제한법 시행령은 10년 이상 임대후 양도할 경우 임대기간 중 발생한 양도차익에 70%의 특별공제율을 적용하고 있다. 다만 국세청과의 협의 과정에서 임대 개시 전에 상승분까지 공제 혜택을 주는 것으로 오해를 받을 수 있다는 점을 감안해 양도차익 계산 기준을 임대기간 중 발생한 소득으로 분명히 했다.

공익법인으로 인정되는 종교단체의 범위도 시행령 개정 이전에 출연한 재산에는 종전 규정을 적용한다. 임대주택 합산배제 임대사업자 요건은 당초 시행령 시행 이후 납세 의무가 성립하는 분부터 적용할 예정이었지만 시행일 이후 신고·결정·경정하는 분부터 적용하기로 했다. 이미 납부한 납세자도 경정을 통해 혜택을 받을 수 있게 된다.

고배당 기업 배당소득 분리과세와 관련한 공시 방식도 조정됐다. 자본시장법상 공시 절차를 준용할 계획이었지만 ‘기업가치 제고 계획’을 공시하도록 변경했다. 금융위원회와 거래소는 기업들이 올해만 약식으로 공시할 수 있도록 간이서식을 배포할 예정이다.

한편 이날 국무회에서는 5월 9일부터 재시행되는 ‘다주택자 양도소득세 중과’ 조치가 담긴 소득세법 시행령 개정안도 의결됐다. 다주택자가 보유한 조정대상지역 주택 양도차익에 최고 75%(지방세 포함 82.5%)의 세율이 5월 9일부터 적용된다. 조정대상지역 지정 시점에 따라 4·6개월 유예 기간을 둔다. 5월 9일까지 매매계약을 체결한 거래에 한해서다.

유류세 한시적 인하 조치를 2개월 더 연장하는 내용의 개별소비세법 시행령도 통과돼 인하 전 세율 대비 리터당 57원(휘발유 기준)의 가격 인하 효과가 유지된다. 이날 의결한 시행령 개정안은 27일 공포될 예정이다.

서민우 기자 ingaghi@sedaily.com

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