[헤럴드경제=정경수 기자] 정부가 심각한 투자 부진을 극복하기 위해 기업을 상대로 한 각종 세제 유인책을 내놨다. 연구개발(R&D)뿐만 아니라 설비 투자, 규제자유특구 등에 대한 지원 등이 다양하게 포함됐다.

정부는 25일 오후 세제발전심의위원회를 열고 이 같은 내용을 담은 '2019년 세법개정안'을 확정·발표했다.

▶신성장·원천기술 연구개발(R&D) 비용 세액공제 확대= 먼저 신약의 임상시험을 해외 연구기관에 위탁하더라도 R&D 비용 절감 혜택을 받을 수 있게 된다. 정부는 '신성장·원천기술 R&D 비용' 세액공제 대상에 해외 연구기관도 포함시키기로 했다.

현재 위탁‧공동연구비의 경우 국내 연구기관에 위탁한 금액만 공제 대상으로 인정받을 수 있다. 하지만 현실적으로 임상시험 등 신약개발 단계에서 해외기업과 공동연구를 할 수밖에 없는 제약이 있었다. 국내 연구 역량이 확보되지 않은 경우가 많았기 때문이다.

신성장·원천기술 R&D 지원 관련해 공제 대상에 바이오베터 임상시험비, 시스템반도체 설계‧제조 등 혁신성장 관련 기술도 추가된다. 세액공제 이월기간도 5년에서 10년으로 확대된다.

▶위기지역 창업기업 세제지원 확대=전북 군산시, 경남 거제시 등 위기지역에서 사업장을 신설하거나 창업을 할 경우 법인세와 소득세를 감면받을 수 있는 기간이 5년에서 7년으로 늘어난다. 위기지역 경제를 살리고 신규 일자리를 창출하기 위한 방안이다.

현재 고용위기지역 또는 산업위기대응특별지역은 총 9개로 군산시, 거제시, 통영시, 고성군, 창원시 진해구, 울산시 동구, 목포시, 영암군, 해남군 등이다.

올 초 위기지역 지정기간 내 사업장을 신설하거나 창업한 기업에 대해 법인세, 소득세를 5년간 100% 감면하는 제도가 신설됐다. 정부는 이 제도를 확대해 5년이 지난 후 6~7년차에도 세제 혜택을 받을 수 있게 했다. 다만 이때 2년간은 법인세, 소득세의 50%를 감면받을 수 있다.

▶규제자유특구에 대한 투자세액공제 확대= 규제자유특구에 대한 투자 세액공제가 확대된다. 정부는 지난 24일 강원 디지털헬스케어 산업지역 등 전국 7곳이 규제자유특구에 지정됐다. 규제자유특구는 ‘선 허용 후 규제’의 전면적 확산을 위해 올해 처음 도입한 규제 샌드박스를 토대로 지정, 규제특례와 함께 예산, 세제, 연구·개발(R&D), 컨설팅 등이 종합적으로 지원된다.

현재 사업용 자산에 투자하는 경우 중소기업과 중견기업은 각각 3％, 1∼2％의 세액공제를 받고 있다. 법 개정을 통해 규제자유특구 내 중소·중견기업은 공제율이 각각 5%, 3%로 확대될 예정이다.

올해로 만료되는 해운 톤세의 적용기한을 5년 연장하기로 확정했다. 톤세제는 해운기업의 해운소득에 대해 영업이익 대신 소유 또는 용선한 선박의 순톤수와 운항일수를 기준으로 산출한 선박표준이익을 과세표준으로 해 법인세를 부과하는 방식이다.
▶수출 중소·중견기업 수입부가가치세 납부유예= 수출 중소·중견기업들이 수입부가가치세 납부를 유예받을 수 있는 요건이 완화된다. 현재 수출 비중 30% 이상의 중소기업(중견기업 50%)은 수입부가세를 수입통관할 때가 아니라 부가가치세 신고 기간에 납부할 수 있다. 자금부담 완화를 위한 조치다.

다만 최근 3년간 사업을 해왔고, 조세범으로 처벌받거나 최근 2년간 세금을 체납한 사실이 없다는 조건이 붙어있다. 기본적인 조건은 유지하되 납부기한 경과 후 15일 이내 체납세액을 납부하면 혜택 대상에 포함시키기로 했다. 아울러 납부유예 신청기한이 법인세 신고기한 만료일부터 3개월 이내로 연장된다. 기존에는 1개월 이내 신청을 했어야 했다.

▶톤세 적용기한 연장= 올해로 만료되는 해운 톤세의 적용기한을 5년 연장키로 했다. 톤 세제는 해운기업의 해운소득에 대해 영업이익 대신 소유 또는 용선한 선박의 순톤수와 운항일수를 기준으로 산출한 선박표준이익을 과세표준으로 해 법인세를 부과하는 방식이다. 세부담에 대한 예측가능성이 제고돼 경영이 안정화되고 중장기 사업추진이 용이하다.

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▶'투자 세제 인센티브' 3종 세트= 정부가 지난 3일 발표한 '2019년 하반기 경제정책방향'에 담겼던 내용이다. 올해 말 일몰 예정인 '생산성 향상 시설 투자세액공제'와 '안전시설 투자세액공제'를 각각 2021년까지 연장한다. 생산성향상투자에 대해선 1년간 세액공제율도 상향 조정된다. 아울러 설비투자에 법인세 납부 연기 혜택을 주는 가속상각제도가 올해 말에서 내년 6월까지 일몰이 연장된다.

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